管外科是西南醫院最年輕的科室，其前身是放射科介入病房，早在上個世紀八十年代就在國內率先開展介入診療工作，是我國最早開展介入診療的單位之一。2018年8月1日西南醫院整合了普通外科、介入科和老年科外周血管病組等優勢資源，組建了陸軍軍醫大學唯一一家血管外科，目前主要開展血管腔內、腔外微創治療，并以大血管介入為龍頭，以腫瘤血管介入和外周血管介入為支撐，以靜脈疾病為補充的學科發展布局。

西南醫院血管外科現有床位32張，醫護人員27名，其中具有高級職稱醫師4名，中級職稱醫師5名，是中國抗癌協會重慶腫瘤介入專委會主任委員單位，重慶市抗癌協會腫瘤介入培訓基地，中國靜脈介入聯盟常務理事單位，重慶市介入質控中心。在腹主動脈瘤和主動脈夾層、肝癌的介入化療栓塞、下肢動脈閉塞腔內介入治療以及靜脈血栓和靜脈曲張的整體微創治療方面具有鮮明特色。