西南醫院神經外科，為西南地區唯一的神經外科學國家重點學科、全軍神經外科研究所及唯一的神經外科學軍隊醫學重點實驗室和軍隊后勤重點實驗室、軍隊首批研究型學科建設試點單位、重慶市重點學科。是臨床醫學博士后流動站站內學科，博士、碩士授予權學科，國家神經外科?？漆t師培訓基地。

現展開床位160張，由3個普通病區（床位130張）、1個神經重癥監護室(床位30張)、膠質瘤治療中心、腦血管病診治中心、腦磁圖與癲癇診治中心、高壓氧治療中心組成；年收治顱腦與脊髓創傷、腦與脊髓腫瘤、腦血管病、癲癇、腦積水、新生兒腦與脊髓膨出、三叉神經痛、面肌痙攣、糖尿病足、老年性癡呆、帕金森病等病人4000余人次，年手術2000余臺次，是中國西部地區最大的神經外科?？浦行闹?。

科室現有工作人員156人，醫療系列40人，研究系列1人，其中教授7人，副教授8人，博士導師4名，碩士導師5人，博士后2名、博士16名，主系列人員均已研究生化，多數人員具有出國學習經歷?？剖椰F有12人分別擔任中華醫學會神經外科分會委員、重慶市醫學會神經外科分會主任委員等全國性學術組織的常委或委員，28人次擔任國內外各種期刊副主編、常委、編委及審稿人，是西部地區擔任各級學術任職最多的學科。擁有西部地區唯一的腦磁圖儀、神經影像導航系統、視頻網絡腦電系統、術中神經電生理監護系統、亞洲最大的高低壓氧艙群、熒光手術顯微鏡、腦內窺鏡等國際頂級的醫教研儀器設備，總價值近1億元，是我國綜合性醫院裝備最好的神經外科?？浦行?。本學科在顱腦及脊髓損傷、腦腫瘤、脊髓腫瘤、腦血管病、癲癇、腦積水、帕金森病、三叉神經痛、面肌痙攣、腦癱、腦或脊髓脊膜膨出、糖尿病神經病變等神經系統疾病微創外科治療方面處于國內先進水平。

十一五以來西南醫院神經外科以第一完成單位在神經系統創傷救治方面獲國家科技進步二等獎1項（2010）及軍隊科技進步一等獎1項（2009），在腦血管病診治方面獲軍隊醫療成果一等獎1項（2012），在神經系統腫瘤微創治療方面獲重慶市科技進步一等獎1項（2010），在腦鐵代謝與腦鐵轉運方面獲重慶市自然科學一等獎1項（2012），另獲軍隊及省部級二等獎6項，軍隊及省部級三等獎8項，參與獲得國家科技進步一等獎1項、二等獎2項，軍隊科技進步一等獎2項，是國內同類學科獲得高等級科技成果最多的學科；主編專著4部，參編學術專著30余部。發表科研論文600余篇，其中SCI、EI等收錄期刊88篇（其中IF>5.0的11篇），是國內同類學科在國際期刊發表論文最多的學科之一；承擔國家、軍隊及省部級科研項目共計60余項，科研經費4000余萬元，其中國家自然科學基金30項，是國內同類學科科研項目及科研經費最多的學科之一。承辦了第一、二、三、四屆重慶國際腦血管外科及腦血管痙攣學術會議、全軍第十一屆、第十七屆神經外科學術會議、第二屆世界華人神經外科學術會、第十屆國際腦血管痙攣會議等大型學術會議8次，參會代表5000余人次，境外代表400余人次。

舉辦國家及軍隊繼續教育學習班13次。先后培養博士后2名、博士研究生23名、碩士研究生56名、軍隊及地方醫院進修生400余名，博士研究生在讀期間均發表SCI論文。2010年科室全職引進了“何梁何利獎”（2009年）獲得者原香港理工大學錢忠明教授，錢教授共發表論文 235 篇，其中SCI論文 131篇，影響因子IF>5的35篇，總影響因子IF> 480，他引總次數超過2800次。

榮立集體三等功2次，個人二等功2人次，個人三等功9人次，獲中國人民解放軍總后勤部科技銀星1人，全軍院校育才銀獎1人，軍隊專業技術崗位津貼2人，重慶市突出貢獻中青年專家1人，重慶市抗旱救災先進個人1人，“十一五”全軍科技工作先進個人1人，“十一五”軍隊醫學科技重大成果獎2項，第八屆全軍優秀教材獎1人，重慶市醫學會學術成就獎1人，世界華人神經外科杰出貢獻獎1人。

科室總護士長鮮繼淑獲得第42界國際南丁格爾獎及2009年重慶市爭光貢獻獎，是重慶市護理界唯一獲得上述殊榮的護士。2010年西南醫院神經外科獲重慶市十大杰出青年團體。2012年科室獲批全軍研究型醫院建設研究型學科建設單位，多次代表第三軍醫大學在總后衛生部組織的全軍研究型醫院建設研訓班授課介紹學科發展經驗。