西南醫院于1956年設立胸腔內科。1962年成立呼吸病科，包含了結核科。其間幾經分合，于1978年自大內科分出組建呼吸科病房（稱內三東）。1980年呼吸科獨立建科。

二十世紀八十年代中期，呼吸科進入了一個快速發展的階段，并于1985年被批準為臨床碩士學位授予學科。在西南地區乃至國內先后率先開展了胸膜活檢、經纖支鏡肺活檢（TBLB）、支氣管碘水造影、支氣管肺泡灌洗、支氣管動脈灌注介入治療、經纖支鏡微波治療，經皮細針肺穿刺活檢等多項臨床診療新技術，使得呼吸系統疾病的診斷技術得到了較大的發展，從而奠定了我科在西南地區的領先地位。尤其是自行研制的改良Abrams胸膜活檢針，在臨床胸膜腔疾病的診斷中得到了廣泛的應用，并大大提高了胸膜腔疾病的陽性診斷率，使得胸膜活檢技術迅速在全國范圍內得以推廣，遍及全國20多個省、市、自治區。

八十年代后期及九十年代初，科室的工作重點仍放在臨床診療技術的改進與提高上，率先在西南地區開展了胸膜腔造影術證實了由于胸膜下肺大皰破裂造成自發性氣胸的機制，經鼻纖支鏡氣管插管機械通氣治療，同時也初步開展了一些基礎性實驗研究，尤其在肺癌的基礎研究上，鈣調素與肺癌細胞增殖活力的研究，應用流式細胞儀檢測肺癌細胞增殖活力，在國內率先進行了肺癌細胞原代培養，探討了TGFβ1基因轉染對肺巨細胞癌細胞增殖的調控、P53基因點突變、缺失與肺癌的關系、芳香化酶在肺癌組織中的表達及其與腫瘤的關系、鈣調素拮抗劑TFP對原代肺細胞化療敏感性的影響；在國內率先對COPD患者的膈肌疲勞機制進行了初步的探討。為培養高水平的臨床醫學人才指明了方向。

隨著新世紀的來臨，呼吸科再次步入了快速發展的新階段。2002年被批準為博士學位授權學科?？剖以诙潭痰膸啄甓鄷r間里，先后開展了經纖支鏡代胸腔鏡醫用OB膠治療頑固性氣胸、利用Bard針經皮肺穿刺活檢術、經纖支鏡高頻電凝術、胸膜刷檢術、放射性氣管支架安置術、I¹²⁵粒子植入術、氣道球囊擴張術治療各種氣道狹窄等多項國內較為先進的臨床診療技術，大大拓展了呼吸系統疾病的診治領域，進一步鞏固了我科在西南地區領先地位。在基礎研究領域，也得到了較大的進步：在肺癌研究方面，開展了肺癌耐藥相關基因、耐藥與染色體畸變關系的研究、姜黃素抗肺癌血管生成的研究、成功利用噬菌體抗體庫技術篩選出人源性的抗CEA單克隆抗體；在COPD方面，對慢阻肺患者膈肌疲勞基礎與臨床進行了詳實的研究，并自行成功研制出變頻膈肌起搏治療儀，取得了良好的臨床效益；在肺間質纖維化方面，對肺纖維化的發病機制及治療進行了初步探討，并首先發現三七總甙在肺纖維化的治療意義，具有良好的應用前景。

目前呼吸科人員51人，其中醫療系列14人，護理36人，技師1人。人員職務結構為：高級職稱5人，中級職稱8人，初級職稱38人；學歷結構為：博士學位5人，碩士學歷以上4人，本科及其以下學歷42人。目前我科現有博士導師2名，碩士導師4名，均具有較強的科研能力及扎實的臨床功底。

科室現開展A、B兩個病區，包括RICU病房，床位共81張，全科擁有醫護人員50余人?？苾扰鋫溆邢冗M的呼吸機、肺功能儀、血氣分析儀和纖維支氣管鏡等診療儀器，其學科規模和技術力量均達到國內先進水平。全科同志在學科帶頭人的領導下，齊心協力，立足臨床，以病人為中心，急病人之所急，想病人之所想，致力于臨床診療技術的開展與推廣，解除患者的實際病痛，得到了廣大患者的信任與好評?？剖遗R床醫療水平處于西南地區領先地位，是一個技術力量雄厚，學術梯隊合理，集醫療、教學、科研為一體的綜合性臨床學科。